Con la riforma universitaria del 1999 (Decreto Ministeriale 509 del 3 novembre 1999) nascono diversi livelli di formazione universitaria: la laurea triennale, detta laurea (L), e la laurea specialistica o magistrale (LS), che prevede altri due anni. Viene inoltre introdotto il sistema dei Crediti Formativi Universitari (CFU).
Ad ogni Credito corrispondono 25 ore di lavoro (tra lezioni frontali e studio individuale): l 'impegno profuso in un anno accademico dovrebbe garantire allo studente circa 60 crediti. Ad ogni insegnamento è attribuito un determinato pacchetto di CFU, che viene acquisito con il superamento del rispettivo esame, qualunque sia la votazione riportata.
Per quanto riguarda la durata dei corsi di laurea:
- Alcuni corsi mantengono la durata di 5/6 anni a ciclo unico. Si tratta dei corsi di laurea "sanitari" come Farmacia/Chimica e Tecnologia Farmaceutiche, Odontoiatria e Medicina Veterinaria (5 anni) e Medicina (6 anni) e in alcuni casi di altri corsi come Giurisprudenza. - La maggior parte dei corsi assume la struttura nota come "3+2". La laurea (L), prevede il conseguimento di 180 crediti formativi in 3 anni, inclusi quelli relativi alla conoscenza di almeno una lingua dell 'Unione Europea. Al conseguimento della Laurea, lo studente può decidere se intraprendere un percorso lavorativo, continuare con la Magistrale o conseguire il Diploma di specializzazione, presso la stessa o altra università.